Le CFOAC travaille en partenariat avec l’Université de Rostock (Allemagne) à travers son département d’ophtalmologie pour le renforcement des capacités de son personnel médical et enseignant ainsi que le développement des sous-spécialités en ophtalmologie. Le staff de l’université de Rostock supervise les activités de recherche et de teleconsulting des cas cliniques difficiles à diagnostiquer lui référés.
Les ophtalmologistes formateurs bénéficient des stages de perfectionnement en Allemagne dans le domaine de d’ophtalmologie pédiatrique, rétine médicale, oculoplastie et strabisme. Les experts de cette université visitent chaque année le CFOAC et organisent des cours théoriques, pratiques et des conférences.